直接答案：有区别但法律效力相同。海关和贸促会都是中国法定的原产地证书签发机构，签发的证书在进口国具有同等效力。区别在于：海关是政府机构，贸促会是贸易促进机构；部分自贸协定证书只有其中一方能签；企业选择哪家通常看便利性和服务。
关键要点
- 两者都是法定签发机构
- 法律效力相同
- 部分证书签发权限不同
- 选择看便利性
两个签发体系
中国的原产地证书由两个体系签发：海关（原出入境检验检疫局并入海关后，原产地签证职能在海关）和贸促会（中国国际贸易促进委员会）。两者都是国家授权的签证机构。
法律效力
两者签发的原产地证书在进口国具有同等法律效力。进口国海关不会因为证书是海关签的或贸促会签的而区别对待。这一点可以放心。
签发权限的差异
部分证书只有特定机构能签。比如某些自贸协定项下的证书，可能只有海关或只有贸促会有签发权。具体的证书类型对应的签发机构，以海关总署和贸促会的官方公布为准。
企业怎么选
主要看：第一，该证书类型哪家能签（这是硬约束）。第二，就近便利性（当地有没有受理点）。第三，办理效率和服务。第四，企业已有的备案在哪家。多数企业的做法是两头都备案，按需选择。
备案和预审的独立性
在两家的备案是独立的。在某一家做了企业备案和产品预审，不等于在另一家也完成了。如果要在两家都能办，需要分别备案。
自主打印
两家的自主打印系统不同。企业要按各自的要求开通。开通后在系统里申请、打印，不用跑现场。
实操建议
第一，先查目标证书类型哪家能签。第二，把常用产品在两家的产品预审都做一遍，避免临时受限。第三，建立内部的证书管理台账，记录每批货用的是哪家签的证书、证书号。
相关问题
海关签的证和贸促会签的有区别吗
法律效力相同。区别在于签发机构和部分证书的签发权限。
是不是所有证书两家都能签
不是。部分证书只有特定机构有签发权，具体以官方公布为准。
在一家备案了另一家能用吗
不能。两家的备案是独立的，要分别办。